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Ich habe noch ein wenig getestet. Der Fehler tritt bei allen "normalen" Raspi-Versionen auf. Raspebery Rev 2 Model B, B+ und 3. Mit dem Zero konnte ich es nicht ausprobieren, da ich keine Pins auflöten wollte.
Es scheint aber definitiv mit dem Wechsel zur PIGPIO SPI-Schnittstelle zu tun zu haben. Wobei Du mir mal bei Gelegenheit get_channel_mcp(channel) erklären musst. Das krieg ich nicht voneinander mit dem pack und unpack. Bin aber auch schon 50!
Sollte reichen, vielleicht noch einmal komplett neu starten. Es wäre möglich das die Einstellung erst dann aktiv wird, falls der SPI Port nicht richtig geschlossen wird.